「傳說的寶可夢」不同
《寶可夢 劍/盾》的傳說的寶可夢會根據版本而定，《劍》版本會出現「蒼響」與《盾》版本會出現「藏瑪然特」 。
其他寶可夢也有分別
除了「傳說的寶可夢」之外，《劍》、《盾》也有一些版本專有寶可夢
- 「單首龍」、「心鱗寶」、火蔥鴨（伽勒爾的樣子）、六尾只會在《劍》版本出現
- 「幼基拉斯」、「黏黏寶」、小火馬（伽勒爾的樣子）、卡蒂狗只會在《盾》版本出現
道館館主不同
第 4 個道館的館主會因應版本不同而有分別，《劍》版本是格鬥道館館主彩豆、《盾》版本是幽靈道館館主歐尼奧。
活動內容不同
《寶可夢 劍/盾》的「超極巨化活動」會因為版本有所分別，例如在 2019 年 11 月 15 日~2020 年 1 月上旬期間，「暴噬龜(超極巨化的樣子)」會在《劍》版更常出現，「鋼鎧鴉(超極巨化的樣子) 」會更常在《盾》版出現。