日文難讀的其中一個原因，是因為一個日文漢字可以有很多不同的讀音，其中一種就是訓讀。
從 5 世紀開始，漢字傳入日本，原本沒有文字的日文開始使用漢字作表記。原本他們只是表記每一個發音，後來索性直接借用同義的漢字。於是日文產生了兩種讀法：以漢語系（主要是吳語、唐宋漢語）拼音演化而成的音讀，以及沿用現有日文發音演化出來的訓讀。
音讀的讀音是基於漢語系的發音，變化有限不多說了，反而訓讀的變化可以很大。一般人了解的訓讀，是以日語固有發音來讀出漢字。例如「草」字，音讀是「ソウ」，但訓讀卻叫做「くさ」，「花」音讀是「カ」，但訓讀卻叫做「はな」，這些訓讀，發音與漢字在中國的原本發音完全不同。
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有了漢字和訓讀，日文顯得千變萬化，千百年來衍生的日文詞語可以同時以音讀和訓讀混雜發音，訓讀在前的是「湯桶讀法」，例如「雨具」叫做「あまグ」，音讀在前的是「重箱讀法」，例如「豚汁」叫做「トンじる」或「ブタじる」。
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「熟字訓」和「義訓」是最難掌握的
另外也有不少日文漢字並不是以單一漢字對應，例如「今日」日文是叫做「きょう」，不是叫做「いまにち」，又或者一些會用多重漢字表記的外來語，是會直接用外來語發音，例如「煙草」是要叫「たばこ」（葡文：Tabaco）。這些不能以單一漢字對應的訓讀叫做「熟字訓」，因為被廣泛使用，「熟字訓」發音和對應的漢字是要死記的。
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基於日文的靈活性，除了「熟字訓」之外，日文訓讀更出現一種更難掌握的「義訓」。「義訓」出現原因是在原作者創作或翻譯的時候，直接定義某個漢字的訓讀產生，這些發音是為了特定目的而定義，不會廣泛使用。「義訓」現在常見於 J-Pop 歌曲、電影、戲劇、ACG 作品之中，但是「義訓」這種現象，其實從漢字傳入時已經出現，例如，「はる」作為訓讀，相對應漢字理應是「春」，但在《萬葉集》的「暖」字，也借用了「はる」作「義訓」去發音，不是讀「あたた（か）」。
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歐洲曾影響近代日文漢字的訓讀
近代日本受歐洲影響極深，在明治、大正年代，日文引入了大量歐美外來語，但不少翻譯者會在保留歐洲語言發音之下將外來語用漢字表記，於是形成了外來語漢字的「義訓」。這種「義訓」例子有很多，例如白金（プラチナ）、牛乳（ミルク）、接吻（キッス）、衝撃（ショック）等等。
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不過，在二戰後的日本已全面改用片假名表記外來語，這種歐洲式「義訓」也隨之消失，只有極少數較廣泛使用的「義訓」留活並演化成一般訓讀之中。例如作為單位的「米」，日文可讀作「メートル」(法語：mètre)、一頁書的「頁」，日文可讀作「ページ」（英語：page）。
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